Il Castello Svevo: Nel corso degli anni ha subito numerosi ampliamenti e rifacimenti. In origine tutta la struttura consisteva in uno spazio quadrilatero racchiuso da una cinta muraria raccordata da cinque torri a pianta quadrata.  Ospita il Museo Archeologico Nazionale che custodisce le Stele Daune del VI e VII sec.
La Cattedrale: E' dedicata a Dio sotto l'invocazione di San Lorenzo Maiorano, vescovo sipontino, su disegno di un architetto francese; è di stile gotico.
La Basilica di S. Leonardo: Sita a 10 Km. da Manfredonia sulla S.S. 89 per Foggia, la chiesa era parte integrante di un insigne complesso abbaziale dei Cavalieri Teutonici sorto tra la fine del sec. XI ed il principio del XII sec. L'impianto del tempio consta di tre navate a tre absidi semicircolari.
La Chiesa di S. Domenico: Ubicata in Piazza del Popolo con l'adiacente convento, venne costruita da Carlo II d'Angiò tra il 1294 e il 1299 e abitata dai Padri domenicani fino all'invasione dei Turchi (1620).
La Basilica di S. Maria Maggiore: E' sita a 3 Km. da Manfredonia sulla S.S. 89 per Foggia. All' inizio questa chiesa era un antico tempio di Diana. Sul tempio venne costruita la chiesa di San Giovanni e nel 1098 l'attuale chiesa. Ha la forma di un cubo e ripete esattamente la struttura della chiesa sottostante (3 quadrati inseriti l'uno nell'altro). Tale struttura è unica. Non ci sono precedenti nelle costruzioni occidentali.
Il Museo Nazionale: Il Museo venne istituito nel 1968. Ospita tutta la collezione archeologica della zona e narra, attraverso i suoi reperti, la ricca storia dell'antica laguna Sipontina. Di particolare interesse è la raccolta delle stele daune, rappresentazione schematica della figura umana, provenienti in gran parte dalla zona della laguna.